Ich denke da sind noch weitere Leitungen vergammelt. Die Erkennung PAL/NTSC erfolgt über Pin 41 am Agnus (High für PAL, Low für NTSC). Wäre die Leitung zwischendurch verrottet würde der Amiga den Agnus immer als NTSC erkennen. Also mal nachmessen, wohin Pin 41 führt und ob er überhaupt irgendwo ankommt.
So logisch ist die Sache mit den geisterhaften 512 KB Fast nicht. Der Amiga müsste eigentlich auch mit dieser Konfiguration starten (auch wenn der RAM nicht da ist). Die WB nutzt von Haus aus keinen Fastmem.
Eventuell sind auch einzelne Adressleitungen zu den RAM-Bänken beschädigt, so das er zu den zusätzlichen 512 KB Chip nochmal die gleiche Menge Pseudofastmem erkennt. Eventuell versucht er beide Speicher im selben Adressbereich anzumelden, das könnte zu einer Blockierung führen.
Da hast du wirklich ne schicke Bastelbude...
Edit: Agnus hat nichts mit der Erkennung und Verwaltung von Fastmem zu tun. Das ist Aufgabe des Prozessors. Ich würde nach kalten Lötstellen oder versehentlich querverbundenenen Pins an den von dir reparierten Chips/Sockeln suchen.
Bei dem Timerproblem habe ich keinen Schimmer.