Also kurz gesagt, würde ich BetterWB empfehlen:
http://lilliput.amiga-projects.net/BetterWB.htm
Das ist eine kleine Distribution von wirklich sehr nützlichen Tools für das AmigaOS 3.1. Das Gute ist, dass keine besonderen Anforderungen an das System gestellt werden, außer eben OS 3.1 und du solltest 10 MB Speicherplatz auf der Festplatte übrig haben.
Kann man auch auf einem Amiga 500 hübsch aussehen lassen (teils mit weiteren tools, die auch unten beschrieben sind), hier auf meinem 500+ mit ACA500plus und ACA1233n-40:
Ansonsten, wenn man es individueller mag ...
Neben LHA sind auch LZX und ZIP auf dem Amiga sehr verbreitet:
http://aminet.net/package/util/arc/lzx121r1
http://aminet.net/package/util/arc/unz550xA
Viele Anwendungen erfordern auch MUI, was eigentlich auch nicht fehlen darf, das ist aber Shareware:
http://aminet.net/package/util/libs/mui38usr
SnoopDOS ist auch toll, das ist ein Systemmonitor:
http://aminet.net/package/util/moni/SnoopDos
Ich persönlich nutze auch adf2disk sehr viel, um ADF-Images zurück auf Disketten zu schreiben:
http://aminet.net/package/disk/misc/adf2disk11
Für mich auch unverzichtbar ist Magic Menu, weil ich dieses "sticky" Menü ermöglicht und man das Menü von überall auf dem Bildschirm aufrufen kann:
https://www.amigafuture.de/downloads.ph ... df_id=2277
Wenn dir Directory Opus zu groß ist bzw. du damit früher nicht so viel zu tun hattest, dann ist vielleicht DOSControl was für dich. Das ist seit paar Monaten offiziell Freeware:
https://www.mengelke.de/Amiga/DosControl#download
EDIT:
WHDLoad ist eigentlich auch schon Pflicht, sofern ihr nicht bereits vorhanden:
http://whdload.de/
Mit VisualPrefs kann man die GUI-Elemente noch mal etwas pimpen bzw. individualisieren. Das Tool erscheint mir allerdings ein klein wenig buggy, daher bitte mit Vorsicht genießen. Ich habs eingerichtet und gut ist, aber nach dem Abspeichern der Änderungen musste ich jedes Mal resetten. Und ich meine irgendwas war da noch, was das Programm in dem WBStartup-Ordner ablegte, was ich entfernen musste, weil es sonst beim Booten abschmierte.

Ich komme nur nicht drauf.
http://aminet.net/package/util/wb/VisualPrefs
CheckDisk finde ich noch ganz praktisch. Ich teste damit Disketten auf Fehler (üner das trackdisk.device). Allerdings habe ich festgestellt, dass das Tool nicht hundertprozentig prüft. Aber für einen oberflächlichen Scan der groben Fehlern ist das ausreichend, denke ich.
http://aminet.net/package/disk/misc/CheckDisk
FBlit ist auch sehr praktisch, weil es für mehr Chip RAM sorgt. Allerdings patched das Tool einige Systemdateien, damit sie stattdessen Fast RAM nutzen, von daher sollte man damit auch vorsichtig sein. Bei mir hat es bisher allerdings noch keine Probleme bereitet.
http://aminet.net/package/util/boot/fblit
ImageMount Darf bei mir auch nicht fehlen. Damit lassen sich ADF, HDF und ISO-Dateien am System mounten.
http://aminet.net/package/disk/misc/ImageMount
Wenn du WHDLoad und WHDLoad-Spiele drauf hast, dann ist Tiny Launcher auch sehr gut. Du kannst Pfade angeben, die er automatisch scannt, nach Spielen oder Demos. die Oberfläche lässt sich komplett mit einem Joystick oder der Tastatur bedienen.
http://ohmygibs.free.fr/ohmygibs/TinyLauncher.html
Eine Alternative zu SysInfo ist AIBB:
http://aminet.net/package/util/moni/AIBB_65
Ich mag es persönlich auch sehr, wenn ich die aktuelle Uhrzeit und das Datum, oben rechts in der Titelzeile sehen kann. Das geht sehr gut mit DClock.
http://aminet.net/package/util/time/DClock16
Und so wie Windows von Haus aus kleine Spiele mit sich bringt, finde ich es auch ganz nett unter der Workbench gewisse Minispiele parat zu haben: WBGames.
http://aminet.net/search?query=wbgames
Die neue icon.library darf auch nicht fehlen, weil die Icons damit etwas schneller laden und man mehr freien Chip RAM zur Verfügung hat. Und sie kann noch mehr. Danke an Supimajo für den Hinweis!
http://aminet.net/package/util/libs/IconLib_46.4
Wenn der Amiga über einen Internetzugang verfügt, dann ist AmiTimeKeeper auch sehr praktisch. Das Tool kann man in WBStartUp kopieren und es stellt die Uhrzeit über einen NTP-Server richtig ein. Ich habe nur leider nicht raus, wie man eine Zeitzone einstellen kann.

Zeittechnisch hinkt die Uhrzeit auf meinem 500er immer eine Stunde.
http://aminet.net/package/util/cdity/AmiTimeKeeper